L’autorité compétente peut également délivrer son autorisation en l’assortissant de prescriptions spéciales.

Cette possibilité est prévue par de nombreux articles du Code, notamment dans les règles générales d’urbanisme, et recouvre des préoccupations variées : salubrité et sécurité publique, desserte, esthétique... Ces articles peuvent ouvrir un large pouvoir d’appréciation à l’administration, tel l’article R.111-14-1 qui dispose que l’autorité compétente peut soumettre à prescriptions spéciales l’octroi d’un permis de construire "de nature [...] à favoriser une urbanisation dispersée incompatible avec la vocation des espaces naturels environnants [...]".

Les prescriptions spéciales peuvent également être utilisées par l’administration pour imposer aux pétitionnaires le respect d’une règle d’urbanisme dont la méconnaissance par le projet n’atteint pas un degré de gravité justifiant un refus d’autorisation. Les décisions assorties de telles prescriptions doivent être motivées (art. R.421-29, al 3 c. urb. - CE 24 nov. 1982, Epx Lalubin : DA 1983 n° 1 - AJPI 1983 p 599). Toutefois la motivation peut résulter du contenu même de la prescription : (CE 4 janvier 1985, Sté SERDS : leb. p 1 - 1985 Somm. p 375 - quot 20 février 1986,  2°part.)

Ces prescriptions sont parfois délicates à rédiger. Elles doivent être suffisamment précises pour que le bénéficiaire du permis puisse connaître véritablement l’étendue de ses obligations (CE 16 janvier 1987, Sté Axadit : D 1987, somm. 256), mais ne doivent pas, par leur importance, remettre en cause l’économie générale du projet (CE 26 janvier 1979, SCI Le Maréchal, leb. Tables p 924). Dans ce dernier cas, c’est un refus de permis qui s’impose.

Ces prescriptions posent également un problème épineux. Les modifications exigées par l’administration s’incorporent au projet et le bénéficiaire est tenu de réaliser les travaux conformément aux termes de l’arrêté. S’il en conteste le bien fondé, il ne peut le faire que sous la forme d’un recours gracieux auprès de l’auteur de l’acte ou bien sous la forme d’un recours pour excès de pouvoir déposé auprès de la juridiction administrative. Toutefois le permis de construire est en principe indivisible (CE 11 mars 1987, Sté d’HLM le nouveau logis, leb. p. 1009). Aussi, en cas de succès, le bénéficiaire n’obtiendra pas seulement l’annulation de la prescription contestée mais bel et bien l’annulation du permis lui-même ! On comprend aisément que ce type de victoire ne soit pas très motivante et cela explique le faible taux de recours contentieux portés contre les prescriptions particulières incluses dans les permis de construire.

Qu’il soit simple ou assorti de prescription spéciale, le permis de construire exprès doit revêtir la même forme :

Il s’agit d’un arrêté (art. R.421-29 c. urb.) délivré par l’autorité compétente.

Cet arrêté doit contenir les éléments suivants (art R.421-6-1 c. urb.). L’absence de certains visas ne rend pas forcément illégale la délivrance du permis de construire (CE 26 mai 1985, Kutschen, leb. p. 295).